Uno de los factores que cada vez cobran más importancia en SEO es la velocidad de carga, y uno de los elementos que pueden hacer más o menos rápida tu página es dónde colocas los scripts, por suerte, en el caso de wordpress puedes encolar algunos scripts a través del archivo functions.php

function javascripts_palfondo(){
(código javascript)
}
add_action('wp_footer', 'javascripts_palfondo');

Si lo que quieres es meter un script que ya maneja wordpress:

function javascripts_palfondo() {
wp_enqueue_script ('nombre-script', get_stylesheet_directory_uri() . '/js/nombre-script.js', array( 'jquery' ), '', true );
}
add_action('wp_enqueue_scripts', 'javascripts_palfondo');

Y si todo esto es un engorro siempre puedes recurrir a plugins como
BWP Minify